在日本弥生时期的原始人我们称之为弥生人，大约在2300年前的时候出现在了日本列岛。弥生人来到这里取代了原住民族绳文人，并且登上了日本的历史舞台，是日本现代人的祖先。让人感到诧异的是，弥生时期与绳文时期这两种文化之间并没有明显的继承关系，而且弥生人与绳文人是有着明显不同的。随着科技不断的发展，科学家对日本弥生时代的人骨进行了基因测序，通过对上寺地遗址的人骨测序，报告显示人骨的源头是从东亚大陆(中国大陆、朝鲜半岛)过来的远古移民。
1、弥生人的历史来源
大约1 万年前左右, 冰河期后海平面的上升将日本岛屿从亚洲大陆分离出来后, 日本岛屿发展出一支独特的文化传统, 称为 “绳文文化 ”(以陶器上装饰有绳纹而得名)。绳文人的基本经济生活主要依赖狩猎、采集和捕鱼 。绳文时代一直持续到大约公元前 300 年前后, 随后转为弥生时代, 这个转变时期以来自亚洲大陆的稻作农业、金属工具及与绳文人不同形态特征的人群的出现为标志。
日本人群的体质形态特征在绳文时代末和弥生时代初期发生了很大的变化。弥生时代以及其后的古坟时代、历史时期乃至现代人群(不包括北海道的阿伊努人 )的形态特征基本相近, 属于一个形态群体。他们具有较平坦的眉嵴、浅平的鼻根 、高狭面、圆而高的眼眶和相对的高身材等，与亚洲大陆的朝鲜 、中国和其他蒙古人种人群类似。
关于日本人群种族历史演变的理论概括起来有 5 种, 即 “代替说 ”、“二重体形说”、“杂交说” 、“连续说 ”和 “移民说” (即日本学术界的“渡来说 ”)。
“代替说 ” 主张日本新石器时代绳文人被其他人群所替代后形成现在的日本人, 这一假说在 19 世纪被提出。 “二重体形说 ” 强调现代日本人群在体质形态上的异质性。 “杂交说”认为, 绳文人与北部亚洲人群混杂后产生现在的阿伊努人, 与南部亚洲人群混杂后形成现在的非阿伊努日本人。“连续说 ”则认为 , 从绳文人到现代日本人的血统是一脉相承的, 不存在任何的混血。该学说的主要代表人是铃木尚 (H. Suzuki )。
但是以上这些理论都不能很好地解释日本人群在体质特征上反映出的变化和差异, 尤其是现代日本人群体质中包含的地理差异。比如,，北海道阿伊努人和冲绳岛的琉球人与大多数现代日本人并不一样, 但是与绳文人相类似。
而在通过对人骨的DNA测序，以及形态学研究、牙齿人类学研究以及血型 、耳垢、指纹 、血液成分等多方面研究之后，“移民说”成为了学界主流。
2、日本现代人类的种族起源和演化
在旧石器时代，有些中国大陆原始部落人群来到了朝鲜半岛居住，他们中的一些人进入到了日本岛，他们带来了来自亚洲大陆的稻作农业、金属工具，这个时候，因为气温和海平面下降，这对群岛的狩猎采集者产生了负面影响，日本列岛的绳文人口已经急剧下降。所以，他们很轻松地取代了日本“绳文时代”，进入历史上的“弥生时代”(公元前300-公元250年)。
除此之外，中国大陆在铁器时代，也有北方部分居民通过朝鲜半岛进入到了日本岛上，这两批人和绳文人发生部分融合，日本统一民族就此形成，构成了现代日本人的主体文明。
这也就可以解释阿伊努人有较多的岛外基因的混血, 而现代日本人只有少量为本土基因的绳文系阿伊努人的混血。简言之, 现代日本人血统存在一个二重起源, 大多数是大陆中国型人群的基因, 少量来自巽他型的阿伊努人的基因。
换句话说, 日本人群至少包含两种成分, 一种来自亚洲大陆的东南地区, 这些人群通过微进化过程演变成为现在的阿伊努人和琉球人 ;另一种来自亚洲大陆的东北部。两种成分的差异从弥生时代开始明显, 并将这种差异一直保留到现代日本人群。
3、日本弥生时代人群的来源
来自亚洲大陆的弥生人祖先的源乡究竟在什么地方, 至今未有定说。把学者们不同的看法归纳起来, 大致有四个方向 :西伯利亚的贝加尔湖地区, 朝鲜半岛 、中国北方和中国南方。
中科院上海生命科学研究院主办的《Cell Research》杂志首次报道了对覆盖全国27个省份和直辖市，8个民族，超过1万人的高深度全基因组测序数据和表型的系统性分析，其中的一个结果是，日本人的基因与北方汉族人完全重叠。
除此之外，科学家把弥生人骨和中国古代居民遗骨进行了比对，弥生时代6个组的人骨资料分别 来自长崎县南松浦郡的浜郷遗址、山口县澧 浦郡的土井I)浜遗址、福冈市博多区的金隈 遗址、下关市大字吉母的吉母浜遗址、岛根县八束郡鹿鸟町的古浦遗址及佐贺县神琦郡 的三津遗址。
12组中国古代颅骨资料分别 出土于华南、华北和东北地区，年代上从新 石器时代直至汉代，其中包括：昙石山组、潘庙组、庙底沟组、安阳I组、关马山组、 本溪组、平洋组、大甸子I组、大甸子U 组、夏家店上层文化合并组、平安堡组和扎赍诺尔组。
日本弥生时代居民在基本体质特征上与我国东北地区古代居民最为接近，尤其是与本溪组青铜时代居民表现出十分密切的关系。在 6组弥生时代颅骨中，除古浦组之外，其余 5组的主要颅面部形态特征*常相似。但 是，尽管古浦组与其他弥生时代组之间存在 着一定的形态偏离现象，他还是与出土于我 国东北地区的关马山组古居民保持了密切的 体质联系。
这也侧面说明了，多数日本弥生时代居民的种 族成分可能来自于中国东北地区的古居民， 而另一部分则或许来自黄河流域。
有趣的是，当日本科学家对上寺地遗址人骨测序，显示DNA来自亚洲大陆的时候，日本网友称若与中国同族能接受，如跟韩国同族想自杀。